[qPCR专栏]一文讲清qPCR文章写作金标准MIQE

[qPCR专栏]一文讲清qPCR文章写作金标准MIQE

第一次写qPCR文章的小伙伴应该都知道这篇非常重要的必备文章，Stephen A. Bustin等在2009年发表的《The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments》，作者旨在为作者、审稿人和编辑说明在做qPCR实验发表文章时所需要提供的最少信息标准，以确保实验的准确性（accuracy）、正确描述（correct interpretation）与可重复性（repeatability）。

这一篇就和小编学习一下哪些数据是必须需要在文章中提供的吧~

标注E为Essential information，必要信息，在文章中必须提供；标注D为Desirable information，可选信息，换言之可以不提供。

1. 实验设计（Experimental design）

E 必要信息：

1）实验组与对照组定义

2）每一组中样本数量

D 可选信息：

1）实验是自己做的还是委托其他人完成

2）对作者所作贡献的感谢

2. 样本（Sample）

1）样本描述

2）样本切割收集方法，显微（mircro）or 宏观（macro）

3）样本处理流程

4）样本冷冻方法与时长

5）样本固定方法与时长

6）样本储存条件与时间（尤其是FFPE样本）

1）处理的样本体积/质量

3. 核酸提取

1）操作流程与仪器

2）提取试剂盒及所作实验流程改动

3）DNase与RNase处理详情

4）污染评估（DNA或RNA）

5）核酸质量

6）核酸定量仪器与方法

7）RNA完整性检测方法与仪器

8）RNA转录本的RIN/RQI值与Cq值

9）抑制测试流程（Cq稀释等）

1）核酸提取过程中如果使用其他试剂的来源

2）核酸纯度（A260/A280）

3）核酸浓度

4）核酸琼脂糖凝胶电泳检测图

4. 反转录

1）完整的反应条件

2）RNA用量与反应体系

3）引物序列与浓度

4）反转录酶与浓度

5）反应温度与时间

1）试剂的生产厂商与货号

2）反转录前后Cq值对比

3）cDNA保存方式

5. qPCR的靶标信息

1）基因标识

2）序列号

3）扩增子长度

4）生物信息学特异性筛选（BLAST等）

5）引物在外显子或内含子上的位置

6）靶标上有哪些可变剪切点

1）扩增子位置

2）扩增子上是否含有假基因、反转录假基因或其他同源基因

3）序列比对结果

4）扩增子的二级结构分析

6. qPCR引物

1）引物序列

2）修饰位置与修饰方法

1）引物在RTPrimerDB文库中的序列号

2）探针序列

3）引物生产商

4）引物纯化方式

7. qPCR实验方法

1）完整的实验条件

2）反应体系与cDNA/DNA模板量

3）引物，探针，Mg2+与dNTP浓度

4）所用聚合酶及使用浓度

5）所用缓冲液/试剂盒货号与生产商

6）其他添加试剂（SYBR GreenⅠ,DMSO等）

7）完整的扩增温度循环参数

8）qPCR仪器生产商

1）缓冲液中的化学成分

2）反应所用耗材（板/管）货号与厂商

3）反应设定方法（手动/自动）

8. qPCR验证

1）特异性（凝胶电泳、序列比对、溶解曲线等）

2）如果使用SYBR GreenⅠ，阴性对照（NTC）Cq值

3）标准曲线的斜率和y轴截距

4）标准曲线的扩增效率

5）标准曲线r2值

6）线性动态范围

7）检测限（LOD）Cq值变化

8）检测限（LOD）证明

9）如果是多重qPCR，需要提供每一重扩增的有效性与检出限（LOD）

1）最适qPCR反应的证明

2）扩增效率或标准差的置信区间

3）检测范围的置信区间

9. 数据分析

1）qPCR分析程序（来源，版本）

2）Cq值确定方法

3）离群数据的处理方法

4）阴性对照（NTC）的实验结果

5）内参基因的选择

6）标准化方法的描述

7）每一步技术重复次数（反转录或qPCR），可理解为平行实验个数

8）可重复性（组内差异）

9）结果分析的统计学方法

10）数据分析软件（来源/版本）

1）生物学重复次数

2）可再现性（组间差异）

3）能效分析

4）原始数据与Cq值上传RDML数据库

以上就是qPCR文章发表时所需的全部必须数据与可选数据啦~原文链接戳这里

MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments | Clinical Chemistry | Oxford Academic (oup.com)