全外显子测序中插入缺失如何分析
一、全外显子测序中插入缺失如何分析
插入缺失（indel）可以通过 SNP和indel都可以用annovar程序做注释。这两个网站都直接google可以出
二、外显子组测序时如何对插入和缺失作注释?
插入缺失（indel）可以通过GATK的软件来查找。 SNP和indel都可以用annovar程序做注释。这两个网站都直接google可以出来
三、重磅干货(二)：关于外显子测序的那些疑问
外显子组（Exome）是一个物种基因组中全部外显子区域的总和，是遗传物质中编码蛋白质的DNA序列，占整个基因组的1%-2%。外显子组分析有助检测出和疾病相关的编码区突变，从而研究DNA变异对正常生物学机制与疾病发病机制的影响。
外显子测序已经在多种单基因遗传病研究、多基因遗传病研究、肿瘤研究及产前诊断中得到了应用。实验方面作为其中重要的一个环节，对数据以及后续的分析有着极为关键的影响，对此我们特邀实验专家给大家讲讲那些实验上的事儿~
外显子测序目前常用的平台之一为Agilent SureSelect Human All Exon V6捕获平台，该平台捕获率高，基本可达到70%以上。 如果出现捕获特异性低于70%，从实验环节考虑，有可能是以下几个方面导致： （1）插入片段偏大，文库之间部分杂交，导致含有部分非目的片段的序列被捕获。外显子平均长度160bp，文库最好在200-500bp，使得目标外显子序列覆盖范围大，邻近内含子区域测序最少。 （2）杂交投入量过高，影响捕获的最佳动力学状态，同时也会影响封闭的效率。 （3）杂交和洗杂交的操作严谨性，合适的盐浓度和漂洗温度可保证获得稳定的捕获效率。
目前评价覆盖均一度的指标主要有Fold80，或不同深度下的覆盖率。 影响覆盖均一度的因素主要有以下几点： 1. 芯片设计 不同厂家的芯片设计原理不同，芯片设计的均一性直接影响目标区域的覆盖均一度指标。可通过标准品测试不同厂家芯片的覆盖度均一性。 2. 样本质量 a.样本完整度，ffpe样本大多存在降解，血液和新鲜组织样本完整度会较高。b.样本纯度，主要看是否有RNA、蛋白质、糖分的污染。c.样本总量，我们对于建库的DNA起始投入量是有要求的，一般200ng。血液和新鲜组织提取出的DNA量通常情况下都足够。 3. PCR效率 PCR效率可能会改变不同区域文库的比例，但是通常这部分影响不大，只有当文库发生极为显著的不均一扩增时，才会影响覆盖度和均一性。
近期我们会不定期推出各类产品常见问题，希望能帮助大家解决各种疑难杂症，请大家拭目以待！
